O SINTEMA é fruto da luta dos trabalhadores e trabalhadoras das universidades brasileiras, em busca da organização em defesa dos seus direitos e da dignidade dos trabalhadores do setor público e da área da educação em particular.

O SINTEMA é filiado à FASUBRA que é uma das entidades pioneiras na organização dos trabalhadores do setor público no Brasil, rompendo com o obscurantismo vigente em triste período de nossa história. Em face da proibição de organização sindical e de classe constante da constituição de 1967, vigente até 04 de outubro de 1988, os trabalhadores públicos organizavam-se em Associações que tinham o caráter esportivo, cultural e assistencial; entretanto nas universidades mesmo com as associações vicejavam outros ventos, e com a tomada de uma posição de luta com consciência de classe, a federação intensificou o processo de organização da categoria.

A partir da promulgação da constituição de 1988, foi intensificado o processo de formação sindical com a realização de cursos, seminários e deliberações congressuais, orientando para a formação de Comissões Pró-Sindicatos nos Estados, unificando toda a base da educação superior das três esferas (municipal, estadual e federal) no projeto SINTEST.

No caso do Maranhão a unificação deu-se entre a UFMA e UEMA, através da ASSUMA e ASSUEMA, que no dia 30 de agosto de 1989, às 19 horas, em assembleia geral dos trabalhadores das duas universidades, no auditório da biblioteca pública Benedito Leite, o SINTEMA foi criado. Esta composição vigorou até o ano de 2002, quando por decisão Congressual foi feita a separação das bases.

A luta pela democratização da universidade, com eleições paritárias, acesso para os alunos da escola pública, melhores salários e condições de trabalho, investimento na área de pesquisa e tecnologia, são pontos que fazem parte da agenda permanente do SINTEMA.